در آزمایشگاه های تشخیص طبی بخش میکروب‌شناسی تنها واحدی است که همچنان غیروابسته به دستگاه های اتوماتیک و آنالایزرهای پیشرفته فعالیت می‌کند. این بخش چون بر پایه ی کار عملی بر روی نمونه‌های بالینی و تشخیص نهایی استوار است، لذا نیاز به نظارت روزانه از سوی مسئولین مربوطه دارد تا تمامی گزینه‌های دخیل در تشخیص نهایی نتایج بیماران دور از خطا و تحت برنامه‌های کنترلی باشند.

بخش میکروب شناسی آزمایشگاه پلاسما به صورت مجزا از سایر بخش ها و مجهز به تجهیزات مدرن و اختصاصی می باشد. این بخش دارای قسمت نمونه برداری می باشد که با رعایت شرایط استریل نمونه برداری از زخم و ضایعات پوستی و نیز نمونه برداری از چشم، گوش، بینی، گلو و سایر نقاط بدن انجام می گردد. همچنین این بخش دارای قسمتهای مجزای کشت میکروبی، محیط سازی، انکوباسیون و استریلیزاسیون می باشد. در این بخش به طور معمول جهت جستجوی عامل بیماریزا کشت کلیه مایعات وترشحات بدن درشرایط استریل در محیطهای کشت میکروبی و همچنین رنگ آمیزی ها و آزمایشات مستقیم باکتری شناسی انجام می گردد. متعاقب شناسایی عوامل بیماریزا آزمایش آنتی بیوگرام انجام شده و حساسیت عوامل بیماریزا نسبت به آنتی بیوتیک های مختلف بررسی می شود.